سازمان قضایی نیروهای مسلح به جرایم مربوط به وظایف خاص نظامی و انتظامی‌کلیه افراد زیر رسیدگی می‌کند:
الف- کارکنان ستادکل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران وسازمان های وابسته.
ب- کارکنان ارتش جمهوری اسلامی ایران و سازمان های وابسته.
ج- کارکنان سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ایران و سازمان های وابسته و اعضای‌بسیج سپاه پاسداران انقلاب اسلامی.
د- کارکنان وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح و سازمان های وابسته.
ه- کارکنان مشمول قانون نیروی انتظامی جمهوری اسلامی ایران.
و- کارکنان وظیفه از تاریخ شروع خدمت تا پایان آن.
ز- محصلان مراکز آموزش نظامی و‌انتظامی در داخل و خارج از کشور و نیز مراکز آموزش وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای‌مسلح.
ح- کسانی که به طور موقت در خدمت نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران هستند مانند کارمندان و کارگران روزمرد و قراردادی.
ت- جرایم کارکنان وزارت اطلاعات در صورت تخلف از وظایف قانونی همچنین در مواردی که پرونده مشتمل بر اطلاعات طبقه‌بندی شده و اسرار جمهوری اسلامی ایران باشد
ی- جرایم حین خدمت و جرایم امنیتی اعضای نیروهای مسلح.
همچنین جرائم نظامی و انتظامی کارکنان مذکور که در سازمان های دیگر خدمت می‌کنند در دادگاه های نظامی رسیدگی می‌شود و رهایی از خدمت به دلیل اخراج یا بازنشستگی و بازخریدی و... مانع رسیدگی به جرایم زمان اشتغال نمی‌شود.